Studiengänge: Alle Bachelorstudiengänge der Informatik inkl. e-Commerce und des Wirtschaftsingenieurwesens (einige Vorträge), alle Masterstudiengänge außer BWL (einige Vorträge)

Vortragsvergabe: Do, 05.07., 12:30 Uhr, HS 4

Vorbesprechung: Mi, 17.10., 13:00 Uhr, HS 6 

Vortragstermine: 14.11., 17 Uhr, 21.11. ab 09:30,  06.12 ab 10:45 Uhr.

Vortragssprache: Wegen der Beteiligung eines finnischen Austauschstudenten werden einige Vorträge auf Englisch gehalten.

Aus organisatorischen Gründen wird im Rahmen der Termine dieses Seminars auch noch ein Vortrag aus der Computeralgebra (21.11., 12:45 Uhr) sowie aus der IT-Sicherheit (06.12., 09:30 Uhr) gehalten, die von meinen Kollegen Bohn und Beuster betreut werden. Für alle hier aufgelisteten Vortragende ist die Teilnahme an den jeweils anderen Vorträgen Pflicht.

Dieses Seminar behandelt das hochaktuelle und innovative Thema der Bioinformatik, welches an der FH Wedel bisher nicht vertreten ist. Es ist von mir geplant, dieses Thema auszubauen und auch in meine Vorlesungen einfließen zu lassen. Bei Interesse bin ich auch bereit, Firmen zu suchen, die Abschlussarbeiten dazu betreuen.

Ein wesentlicher Aspekt der Bioinformatik ist die Anwendung schneller Verfahren zur Mustererkennung zum Zwecke von DNA-Analysen. Wir wollen in diesem Seminar die biologischen und chemischen Hintergründe kennenlernen sowie die Aufbereitung zu einem Mustererkennungsproblem. Auch mathematische Hintergründe werden thematisiert, denn Statistik spielt bei der Analyse ebenfalls eine entscheidende Rolle.

Zusätzlich zum Thema Bioinformatik gibt es wie in jedem meiner Seminare auch die Möglichkeit, dass Vortragswillige eigene Themen vorschlagen, die zu meinen Interessensgebieten gehören. Ich rufe speziell zu Vorschlägen für die Themen Logistik und Verkehrsnavigation auf. Aber auch weiterführende Vorträge für die semantische Informationsverarbeitung (vor allem für den Masterstudiengang e-Commerce) sind gerne gesehen.

Studierende der Bachelorstudiengänge der Informatik dürfen gerne auch Vorträge aussuchen, die fürs Masterstudium der Informatik geeignet sind. Dasselbe gilt auch für Studierende des Wirtschaftsingenieurwesens, die ein rein informatisches Thema nehmen wollen. In einigen Themen kann man diese Vorträge durchaus auf unterschiedlichem Niveau halten, sodass auch solche Themen nicht zu schwer für die jeweiligen Studiengänge sind. In der Notengebung wird natürlich berücksichtigt, um welchen Studiengang es sich handelte. Sprechen Sie mich in Zweifelsfragen vor der Vortragsvergabe darauf an. Insbesondere für die Themenabgrenzung sollten mich alle Vortragenden zumindest während der Vorbereitung des Vortrags konsultieren.

Beachten Sie auch meine allgemeinen Hinweise zu Seminarvorträgen.

Die im Folgenden genannte Literatur wurde mir von Prof. Dr. Knut Reinert vom Studiengang Bioinformatik der FU Berlin empfohlen, dem ich dafür herzlich danke. Auch einige der Vortragsvorschläge stammen von ihm. Wertvolle Informationen finden Sie auch in den Materialien zu seinen Vorlesungen, die Sie hier ansehen können.

Chao / Zhang: Sequence Comparison: Theory and Methods, Springer 2008, ISBN 978-1848003194
in Lehrbuchsammlung Iwanowski vorhanden

Mount: Bioinformatics: Sequence and Genom Analysis, Cold Spring Harbour Laboratory Press 2004 (2. Auflage), ISBN  978-0879697129 
für Lehrbuchsammlung Iwanowski bestellt

Zvelebil / Baum: Understanding Bioinformatics, Taylor & Francis 2007, ISBN  978-0815340249 
in Lehrbuchsammlung Iwanowski vorhanden

Im Folgenden werden für jedes Thema Referenzen angegeben, welche sich auf die Bücher von Zvelebil/Baum (ZB) und Chao/Zhang (CZ) beziehen. Dieses dient aber nur zur thematischen Orientierung. In keinem Fall ist darunter zu verstehen, dass alles aus diesen Büchern vorgetragen werden soll. Außerdem wird dringend geraten, sich auch in anderen Referenzen zu informieren.

Jeder Vortrag kann von allen Teilnehmern eines Bachelorstudiengangs der Informatik (inkl. e-Commerce) gewählt werden. Teilnehmer aus dem Studiengang Wing sollten nur die dafür gekennzeichneten Vorträge wählen (Ausnahmen nach Rücksprache möglich). Teilnehmer des Masterstudiengangs Informatik sollten in erster Linie die beiden für sie gekennzeichneten Vorträge wählen. Im Einzelfall kann aber ein anderes Thema mit besonderer Vertiefung ebenfalls gewählt werden (nach Rücksprache).

Die im Folgenden verlinkten Ausarbeitungen und Vortragsunterlagen sind im Original dargestellt und ausschließlich von den Verfassern bearbeitet worden. Daher kann der Lehrveranstalter keine Gewähr für die Qualität und Richtigkeit geben.

1) Bioinformatics - What is it about and where should be the limits (in English)
    Christoph Kröger
    14.11., 17 Uhr, HS 5 (im Rahmen des Kolloquiums)
    Vortrag    Ausarbeitung

2) Pairwise Sequence Alignment (in English)
    ZB Kap. 5, CZ Kap. 3,4
    Cordula Eichhorn
    21.11., 09:30 Uhr, HS 5
    Vortrag    Ausarbeitung

3) Multiple Sequence Alignment (in English)
    CZ Kap. 5, ZB Kap. 6
    Timo Schmidt
    21.11., 10:45 Uhr, HS 5
                   Ausarbeitung

Talk from the IT Security Seminar (in English):
    Riku Polameri
    06.12., 09:30 Uhr, HS 5

5) Introduction into Genome Analysis (in English)
    ZB Kap. 9 und 10
    Kim Weißer
    06.12., 12:45 Uhr, HS 5
    Vortrag    Ausarbeitung

6) Konstruktion phylogenetischer Bäume    
    ZB Kap. 8
    Timo Jacobs
    06.12., 14:00 Uhr, HS 5
    Vortrag    Ausarbeitung

Folgende Themen wurden ebenfalls zur Auswahl gestellt, aber nicht vergeben:

4a) Die Burrows-Wheeler-Transformation (Master Informatik)
    Skript Prof. Reinert (FU Berlin)
    Vortrag noch frei

4b) Das BLAST-Verfahren zur Suche in Datenbanken (Master Informatik)
    CZ Kap. 7, ZB Kap. 6
    Vortrag noch frei

7) Sekundärstrukturen
      ZB Kap. 11 und 12
      Dieses Thema kann auch auf 2 Vorträge verteilt werden, darunter auch an Wing.

8) Tertiärstrukturen
       ZB Kap. 13 und 14
       Dieses Thema kann auch auf 2 Vorträge verteilt werden, darunter auch an Wing.